Keio 3, Hinomoto, Eito. Alors que l'ère Bakumatsu plonge le Japon dans la tourmente, le jeune Kû Bashin rêve de devenir plus fort grâce aux « Battle Spirits ». Son monde bascule lorsqu’il rencontre Ajara Zetsu, un redoutable samouraï errant pourchassé par les forces opposées au shogunat. Ils se retrouvent entraînés dans le périple qui va changer l'histoire.